Francisco de Paula Fajardo Júnior nasceu em Santa Maria Madalena, Rio de Janeiro, no dia 8 de fevereiro de 1864. Em 1888, formou-se pela Faculdade de Medicina do Rio de Janeiro – FMRJ, apresentando como tese de doutoramento o primeiro trabalho científico produzido no país sobre o hipnotismo, matéria até então desacreditada nos meios acadêmicos. Sua tese despertou tanto interesse que, em 1896, foi transformada em tratado sobre o tema.
Logo conquistou reputação de excelente clínico, e em 1892 assumiu o cargo de assistente da cadeira de clínica propedêutica, cujo titular era Francisco de Castro. Lecionou também na Universidade Popular Livre. Uma das conferências que proferiu aí converteu-se em Moléstias tropicais (1902). Fajardo publicou diversos trabalhos que testemunham seu interesse pela pesquisa em laboratório, inclusive Diagnóstico e prognóstico das moléstias internas pelo exame químico, microscópico e bacteriológico junto do doente (1895). Mas essa vocação acabou sendo relegada a segundo plano, por força das precárias condições que o país oferecia à sua realização enquanto carreira profissional estável, material e culturalmente valorizada.
Professor da FMRJ, Fajardo foi um dos pioneiros nos estudos em microbiologia no Brasil. A partir de 1892, destacou-se pelas investigações experimentais realizadas sobre o parasito causador da malária, sendo exaltado pela imprensa médica como o descobridor, no Brasil, do hematozoário identificado por Alphonse Laveran em 1880. Publicou ainda, na década de 1890, estudos sobre cólera-morbo, beribéri, piroplasmose bovina e espirilose das galinhas, em periódicos médicos nacionais e no Centralblatt für Bakterologie, Parasitenkunde und Infektionskrankheiten. Em abril de 1893, foi eleito membro da Academia Nacional de Medicina, apresentando, na ocasião, trabalho sobre “o micróbio da malária”.
Faleceu, aos quarenta e dois anos, no dia 6 de novembro de 1906, em conseqüência, supõe-se, de reação anafilática provocada pela inoculação do soro antipestoso fabricado no Instituto Soroterápico de Manguinhos.
