A febre amarela seguia a vaga imigratória Brasil adentro, contrariando a noção de que era uma doença somente das planícies litorâneas, quentes e úmidas. Em 1889, a vacina antiamarílica “inventada” por Domingos Freire, catedrático de química orgânica da Faculdade de Medicina do Rio de Janeiro, chegou a Vassouras, Pombal, Macaé, Niterói e Resende, na província do Rio de Janeiro; Juiz de Fora e Serraria, em Minas Gerais; Desengano, no Espírito Santo; e ainda a duas cidades paulistas, Santos e Campinas. Nesta, pela primeira vez vitimada pela febre amarela, 651 pessoas foram inoculadas pelo dr. Angelo Simões. O próprio Freire esteve com uma delegação do Rio de Janeiro naquele próspero centro cafeeiro. Foram homenageados com um banquete republicano, em junho de 1889.
Durante a epidemia, quase não restaram médicos para atender à população: os que não morreram, fugiram em pânico do contágio, juntamente com os moradores mais abastados. As autoridades foram obrigadas a trazer de outras cidades médicos dispostos a enfrentar a crise. Adolpho Lutz foi um deles, mas permaneceu em Campinas apenas dois meses, abril e maio, quando a epidemia estava no auge. Em julho, embarcou com destino ao Havaí, fazendo escala em Hamburgo. Os biógrafos são ambíguos e anacrônicos no tocante à precoce correlação entre febre amarela e mosquitos supostamente estabelecida por ele então. Segundo Bertha Lutz, seu pai teria verificado que a doença alastrava-se pelas cidades que margeavam a estrada de ferro, fato que teria correlacionado mais tarde com a teoria culicidiana. Nas Reminiscências sobre a febre amarela publicadas por Lutz em 1930, ele observa que o transporte de mosquitos infectados pela estrada de ferro esclarecia o aparecimento de vários casos esporádicos e isolados de febre amarela em funcionários do correio e da ferrovia e em pessoas que nunca tinham visitado Campinas. Nas Reminiscências Lutz recorda que durante o tempo em que esteve nessa cidade usou o mosquiteiro desde o anoitecer e sempre que se recolhia ao hotel durante o dia, o que não o impediu de ser picado diversas vezes.
Para Lutz, 1889 foi o “ano mais infausto” na história moderna da febre amarela no Brasil. Durante os três meses de verão quase não choveu e a temperatura subiu mais que nos anos anteriores. A doença surgiu em Santos e em Campinas. Na primeira cidade, após dez anos sem ocorrência de casos, a epidemia foi muito forte. Em Campinas, seu desenvolvimento foi rápido, chegando a quarenta óbitos por dia. Avaliou-se que três quartos da população, estimada em vinte mil habitantes, deixaram a cidade. Muitas pessoas que regressaram antes do tempo contraíram a moléstia. Houve cerca de dois mil óbitos, incluindo os que faleceram em outros lugares.
