s principais modificações introduzidas em Manguinhos na gestão de Carlos Chagas (de 1918 até sua morte, em 1934) consistiram na criação dos Serviços de Medicamentos Oficiais e de Análise de Soros, Vacinas e outros Produtos Biológicos, na incorporação do Instituto Vacinogênico Municipal, responsável pela fabricação da vacina antivariólica, e nas reformas promovidas pelos regulamentos de 1919 e 1926, que ampliaram até mesmo as atividades de ensino de disciplinas relacionadas à microbiologia, zoologia médica e saúde pública. O Serviço de Medicamentos Oficiais, criado junto com o de Profilaxia Rural, em 1918, acarretou o fortalecimento da vertente industrial de Manguinhos. Em janeiro de 1920 foi criado o Departamento Nacional de Saúde Pública, que Chagas dirigiu até 1926, restabelecendo a ligação umbilical do IOC com uma saúde pública mais autônoma e bem aparelhada.

Na década de 1920 os trabalhos científicos do Instituto Oswaldo Cruz (atualmente uma unidade da Fundação Oswaldo Cruz) estiveram direcionados, predominantemente, para as doenças endêmicas nas zonas rurais do Brasil. A Doença de Chagas continuou a ser estudada, por ele próprio e por Eurico Villela, priorizando-se sua forma cardíaca e as lesões que provocava no fígado. Genésio Pacheco, enviado à Bahia para fazer estudos de campo sobre a natureza das disenterias, estabeleceu novo e eficaz processo de diagnóstico da disenteria bacilar. Lutz inaugurou os estudos sobre a esquistossomose, verificando sua grande disseminação no norte e, em menor escala, no sul do país. Magarino Torres chamou a atenção, em 1927, para o toxoplasma, mostrando que o parasito era o agente etiológico de nova doença humana, a toxoplasmose. A Doença de Carrion foi encontrada no interior da Bolívia por pesquisadores do Instituto, que continuaram a se dedicar ao estudo de várias enfermidades, entre as quais o impaludismo, a hanseníase e as helmintoses.

Além das pesquisas ligadas a doenças humanas, prosseguiram os trabalhos concernentes àquelas que grassavam sob a forma de epizootias. Em 1927-1928, José Gomes de Faria e Oswaldo Cruz Filho foram enviados à Argentina para completar os estudos sobre a piroplasmose ou “tristeza dos bovídeos”. Aragão publicou, em 1927, importante trabalho sobre o mixoma dos coelhos, sugerindo a utilização de seu vírus para combater uma praga de coelhos que dizimava as lavouras da Austrália, experiência mais tarde executada com grande êxito.

A relação de imunobiológicos e quimioterápicos destinados à medicina humana e à veterinária fabricados e comercializados pelo Instituto Oswaldo Cruz totalizava 36 itens em 1925, relação essa que não incluía a vacina antivariólica, cuja produção destinava-se exclusivamente à saúde pública.