ata do século XVI o embrião da Universidade de Berna. Criada em 1528, a escola superior (Haute école), instalada no antigo convento das carmelitas descalças, tinha por objetivo assegurar a formação de sacerdotes convertidos ao protestantismo. Teologia, hebraico, grego e filosofia foram as disciplinas ministradas desde sua origem até o século XVIII, quando adicionou-se o ensino de matemática, direito e ciências naturais. Em 1797 foi fundado o Instituto de Medicina, e em 1805, dois anos após a restauração da Confederação Helvética, as faculdades de teologia, direito, medicina e filosofia então existentes foram reagrupadas na Academia fundada naquele ano. A criação efetiva da Universidade de Berna ocorreu três décadas depois, em 1834.

No século XIX a Suíça desenvolveu uma experiência original de renovação universitária, marcada por três características básicas: a não-formação de um sistema (as universidades criadas em cada região possuíam independência em matéria educacional); os desníveis lingüísticos, que tendiam a aproximar os estabelecimentos dos diferentes cantões às nações maternas do ponto de vista lingüístico (Alemanha, França e Itália); e a desproporção entre o número de universidades e as necessidades locais, com oferta de vagas superior às demandas existentes. Esta última característica teria sido responsável pela acolhida de grande número de estrangeiros e, especificamente, de mulheres, ainda excluídas do ensino universitário em outras regiões da Europa – é importante lembrar que ao final do século XIX apenas as universidades de Zurique e Paris igualavam-se à de Berna no tocante ao ingresso de estudantes do sexo feminino.

Sobre a trajetória institucional pode-se destacar, entre outros episódios, a criação, em 1900, de uma faculdade própria para a medicina veterinária, setor que estivera vinculado à faculdade de medicina de 1843 a 1868.

No âmbito mais geral, é digno de nota o novo regimento para a Universidade de Berna, instituído em 1954, que assegurou à instituição a liberdade de ensino e pesquisa. Definida pelo regimento de 1997 como estabelecimento de direito público dotado de personalidade jurídica, a Universidade de Berna passou a ser administrada em 1999 por uma sociedade anônima denominada UNITECTRA AG. Tal sociedade, criada no seio das universidades de Berna e Zurique, tem a função de administrar, sem fins lucrativos, a transferência de saber e de tecnologia entre as duas instituições.