origem da Universidade de Leipzig vincula-se intimamente aos conflitos políticos do Grande Cisma do Ocidente (1378-1417), quando a suposta unidade cristã foi mais uma vez ameaçada. Do início do Cisma até 1500, os principados germânicos fundaram doze universidades, formando uma das mais densas redes universitárias da Europa. Em Leipzig, o studium generale foi criado após divergências entre professores alemães da Universidade de Praga e o rei da Boêmia, Venceslau IV. Os estudantes e docentes germânicos transferiram-se para Leipzig, onde nobres apoiaram a fundação de uma nova instituição em 1409. Oficialmente aberta a 2 de dezembro, a Universidade iniciou suas atividades com 46 mestres e doutores, e 369 estudantes. Considerada um dos baluartes da escolástica e fiel ao catolicismo até a década de 1530, quando passou à órbita do protestantismo, a Universidade sofreu reformas entre 1542 e 1544 para tornar-se o centro de formação de religiosos, advogados e educadores requeridos pelo novo estado da Saxônia.

Entre os séculos XVI e XVIII, conflitos religiosos, guerras e epidemias sujeitaram a Universidade de Leipzig a contínuas mudanças e dificuldades, que não impediram, no entanto, sua transformação em um dos mais importantes centros europeus de atividades literárias e culturais.

Ao longo do século XIX, a Universidade expandiu seus departamentos científicos e médicos na tentativa de responder ao aumento da demanda pelas ciências naturais; na segunda metade desse século, teve sua estrutura aumentada com a criação de museus, coleções, institutos, seminários, bibliotecas e faculdades, singularizando-se entre as demais instituições européias por acomodar grande demanda para disciplinas científicas especializadas.

Os investimentos destinados à medicina e à ciência na virada do século XIX para o XX (reconstrução do instituto de físico-química, inauguração de uma nova clínica cirúrgica, fundação do instituto de medicina legal etc.) granjearam prestígio internacional às faculdades ligadas a essas áreas após a Primeira Guerra Mundial (1914-1918). Na década de 1930, a instituição começou a sofrer as conseqüências da ascensão nazista, responsável pela perseguição de professores e pela evasão de grande contingente de alunos. Ao final da Segunda Guerra Mundial (1939-1945), 60 por cento dos edifícios da Universidade encontravam-se destruídos em decorrência dos bombardeios sofridos pela cidade. No período subseqüente, Leipzig viveria as agruras do conflito estabelecido entre norte-americanos e soviéticos. Grande número de cientistas e profissionais qualificados emigraram para outros países, e a Universidade ficou submetida às determinações de lideranças alinhadas à União Soviética, mudando até mesmo de nome: em 1953 passou a denominar-se Universidade Karl Marx. A partir de 1968, começou a ser implementado um projeto de reconstrução do complexo universitário.

Após as transformações políticas ocorridas a partir do final da década de 1980 (reunificação das Alemanhas e desagregação da União Soviética), a instituição voltou a chamar-se Universidade de Leipzig. Buscou renovar e ampliar seus quadros, reorganizando seus programas de ensino e pesquisa. Em 1994 passou a contar com nova constituição, considerada a pedra de fundação de uma desejada instituição livre e democrática.