lém de cuidar das estafantes rotinas laboratoriais associadas às doenças epidêmicas que se sucediam na agenda das autoridades sanitárias, e às inúmeras solicitações dos clínicos da cidade e do estado, Lutz prosseguiu as investigações sobre as afecções de pele, por guardarem relação com uma ou outra dessas demandas, ou com a zoologia médica, pela qual o cientista nunca deixou de ter grande interesse pessoal.

Nos relatórios escritos durante os anos em que esteve à frente do Instituto Bacteriológico, e em versões resumidas que foram publicadas na Revista Médica de S. Paulo, Lutz traçou o quadro das dermatoses existentes nas cidades e zonas rurais sob sua jurisdição. Além de prosseguir os estudos sobre os vermes nematódeos do gênero Ascaris, determinou, pela primeira vez, a presença de herpes tonsurante no gato; estudou a biologia de aracnídeos que causavam danos às populações locais, como os ácaros e carrapatos; pesquisou a presença de coccídios, que vitimavam os coelhos das criações, a de sarcosporídios em músculos do porco, do gambá, da lebre indígena e da saracura. Observou hemosporídios em rãs, lagartos, tartarugas, jacarés e cobras, descrevendo, em todos esses estudos, várias espécies novas. Estudou, também, os argasídeos, aracnídeos hematófagos encontrados nos pombais, e o Dermayssus avium, piolho da galinha. Lesões cutâneas produzidas no homem por parasitos levaram Lutz a se debruçar sobre o Sarcoptes scabiei, agente da sarna, o Phtirius inguinalis, o Pediculus vestimentis, o Pediculus capitis, e, ainda, o Pulex penetrans (hoje classificado como Tunga penetrans), o incômodo bicho que infestava os pés daquela multidão descalça que circulava pelas ruas e campos de São Paulo.

Em agosto de 1899, o cientista publicou detalhado estudo sobre um caso de miíase, classificando, pela primeira vez, as espécies de insetos que causavam aqueles danos horríveis aos tecidos e cavidades do corpo humano ao usá-los como ninho para seus ovos e pasto para suas larvas: a Licilia cyanoventris ou Compsomia macelaria, muito semelhante à Sarcophaga carniaria, vulgarmente conhecida como varejeira. Estudou a ação patogênica do parasito no homem e verificou experimentalmente seu ciclo biológico no cachorro.

No período entre 1889 e 1908 transcorreram ainda os estudos de Adolpho Lutz em protozoologia, abrangendo protozooses humanas, de outros vertebrados e de invertebrados. Em 1889, no Centralblatt für Bakterologie, Parasitenkunde und Infektionskrankheiten, de Jena, ele descreveu, pela primeira vez, os mixosporídios encontrados na vesícula biliar de batráquios, ordem de animais a que retornaria no fim da vida. Em 1901, publicou o resultado de seus estudos sobre as hemogregarinas de algumas cobras – a jibóia, a cobra d’água, a jararaca, a cascavel e a cobra cipó. Investigou especialmente a classe dos esporozoários. Além do estudo sobre a malária aviária, publicou cinco trabalhos (três em parceria com Alfonso Splendore) relativos aos microsporídios parasitas de insetos, helmintos e peixes, pertencentes ao grupo de Nosema bombycis, agente etiológico da célebre doença das lagartas da seda.