Francisco de Paula Fajardo Júnior nasceu em Santa Maria Madalena, Rio de Janeiro, no dia 8 de fevereiro de 1864. Em 1888 formou-se pela Faculdade de Medicina do Rio de Janeiro (FMRJ), apresentando como tese de doutoramento o primeiro trabalho científico produzido no país sobre o hipnotismo, matéria até então desacreditada nos meios acadêmicos. Sua tese despertou tanto interesse que, em 1896, foi transformada em tratado sobre o tema.

Logo conquistou reputação de excelente clínico, e em 1892 assumiu o cargo de assistente da cadeira de clínica propedêutica, cujo titular era Francisco de Castro. Lecionou também na Universidade Popular Livre. Uma das conferências que proferiu aí converteu-se em Moléstias tropicais (1902). Fajardo publicou diversos trabalhos que testemunham seu interesse pela pesquisa em laboratório, inclusive Diagnóstico e prognóstico das moléstias internas pelo exame químico, microscópico e bacteriológico junto do doente (1895). Mas essa vocação acabou sendo relegada a segundo plano, por força das precárias condições que o país oferecia à sua realização enquanto carreira profissional estável, material e culturalmente valorizada.

Professor da FMRJ, Fajardo foi um dos pioneiros nos estudos em microbiologia no Brasil. A partir de 1892, destacou-se pelas investigações experimentais realizadas sobre o parasito causador da malária, sendo exaltado pela imprensa médica como o descobridor, no Brasil, do hematozoário identificado por Alphonse Laveran em 1880. Publicou ainda, na década de 1890, estudos sobre cólera-morbo, beribéri, piroplasmose bovina e espirilose das galinhas, em periódicos médicos nacionais e no Centralblatt für Bakterologie, Parasitenkunde und Infektionskrankheiten. Em abril de 1893 foi eleito membro da Academia Nacional de Medicina, apresentando, na ocasião, trabalho sobre “o micróbio da malária”.

Faleceu aos 42 anos, no dia 6 de novembro de 1906, em conseqüência, supõe-se, de reação anafilática provocada pela inoculação do soro antipestoso fabricado no Instituto Soroterápico de Manguinhos .