Nascido em Eisenach, Alemanha, em 1842, Ludwig Pfeiffer estudou medicina em Wurzburgo, Jena, Berlim, Praga e Viena. Antes de se estabelecer como clínico em Weimar (1867), trabalhou como auxiliar numa clínica cirúrgica em Viena. Sua importância científica deveu-se às pesquisas que realizou sobre doenças endêmicas e epidêmicas e ao seu engajamento na Higiene Pública alemã. Realizou estudos sobre o cólera, o câncer e a puericultura, sobre as técnicas de vacinação e a vacina antivariólica, entre ouros temas. Em sua obra mais famosa, Die Protozoen als Krankheitserreger (Os protozoários como agentes patogênicos), publicada em 1890, identificou como parasitas alguns corpúsculos citoplasmáticos encontrados em células cancerosas. Tal interpretação foi posteriormente contestada pelo patologista italiano Guido Banti, que negou a natureza parasitária desses corpúsculos, vendo neles uma simples conseqüência de algum processo patológico ocorrido durante a mitose.

Pfeiffer participou da criação da Associação Geral de Médicos da Turíngia, em 1867, e foi um dos fundadores da União das Associações Gerais de Médicos Alemães. Também dirigiu o periódico Korrespondenzblätter des Allgemeinem ärztlichen Vereins von Thüringen.

Faleceu em 1921.