s 
                principais modificações introduzidas em Manguinhos 
                na gestão de Carlos 
                Chagas (de 1918 até sua morte, em 1934) consistiram 
                na criação dos Serviços de Medicamentos Oficiais 
                e de Análise de Soros, Vacinas e outros Produtos Biológicos, 
                na incorporação do Instituto Vacinogênico 
                Municipal, responsável pela fabricação da 
                vacina antivariólica, e nas reformas promovidas pelos regulamentos 
                de 1919 e 1926, que ampliaram até mesmo as atividades de 
                ensino de disciplinas relacionadas à microbiologia, zoologia 
                médica e saúde pública. O Serviço 
                de Medicamentos Oficiais, criado junto com o de Profilaxia Rural, 
                em 1918, acarretou o fortalecimento da vertente industrial de 
                Manguinhos. Em janeiro de 1920 foi criado o Departamento Nacional 
                de Saúde Pública, que Chagas dirigiu até 
                1926, restabelecendo a ligação umbilical do IOC 
                com uma saúde pública mais autônoma e bem 
                aparelhada.
Na década de 1920 os trabalhos científicos do Instituto Oswaldo Cruz (atualmente uma unidade da Fundação Oswaldo Cruz) estiveram direcionados, predominantemente, para as doenças endêmicas nas zonas rurais do Brasil. A Doença de Chagas continuou a ser estudada, por ele próprio e por Eurico Villela, priorizando-se sua forma cardíaca e as lesões que provocava no fígado. Genésio Pacheco, enviado à Bahia para fazer estudos de campo sobre a natureza das disenterias, estabeleceu novo e eficaz processo de diagnóstico da disenteria bacilar. Lutz inaugurou os estudos sobre a esquistossomose, verificando sua grande disseminação no norte e, em menor escala, no sul do país. Magarino Torres chamou a atenção, em 1927, para o toxoplasma, mostrando que o parasito era o agente etiológico de nova doença humana, a toxoplasmose. A Doença de Carrion foi encontrada no interior da Bolívia por pesquisadores do Instituto, que continuaram a se dedicar ao estudo de várias enfermidades, entre as quais o impaludismo, a hanseníase e as helmintoses.
Além das pesquisas ligadas a doenças humanas, prosseguiram os trabalhos concernentes àquelas que grassavam sob a forma de epizootias. Em 1927-1928, José Gomes de Faria e Oswaldo Cruz Filho foram enviados à Argentina para completar os estudos sobre a piroplasmose ou “tristeza dos bovídeos”. Aragão publicou, em 1927, importante trabalho sobre o mixoma dos coelhos, sugerindo a utilização de seu vírus para combater uma praga de coelhos que dizimava as lavouras da Austrália, experiência mais tarde executada com grande êxito.
A relação de imunobiológicos e quimioterápicos destinados à medicina humana e à veterinária fabricados e comercializados pelo Instituto Oswaldo Cruz totalizava 36 itens em 1925, relação essa que não incluía a vacina antivariólica, cuja produção destinava-se exclusivamente à saúde pública.