As origens da Faculdade de Medicina do Rio de Janeiro (FMRJ) remontam à transferência da Corte Real Portuguesa para o Brasil, em 1808. Nesse mesmo ano, D. João VI fundou os cursos médico-cirúrgicos no Rio de Janeiro e em Salvador, entre outras providências destinadas a aparelhar a colônia que, em 1815, seria elevada à condição de Reino Unido a Portugal e Algarves.
A Escola Anatômica, Cirúrgica e Médica do Rio de Janeiro foi instalada no Hospital Real Militar, no morro do Castelo. O curso, de quatro anos de duração, era regido pela Universidade de Coimbra, Portugal.
Em 1813, as escolas do Rio e de Salvador transformaram-se em Academias Médico-Cirúrgicas. Seu novo regulamento garantia aos profissionais aqui formados o direito de exercer a medicina, atribuição até então monopolizada pelos médicos educados em Portugal. Em 1826, os diplomas passaram a ser concedidos pelas próprias Academias e não mais pela Universidade de Coimbra.
Dez anos após a independência política do Brasil, em 1832, as Academias Médico-Cirúrgicas converteram-se em Faculdades de Medicina, seguindo o modelo das instituições francesas de ensino superior. O curso teve sua duração ampliada para seis anos e passou a formar médicos, farmacêuticos e parteiras. A preocupação em elevar o nível da formação acadêmica tornou obrigatória a defesa de tese para a obtenção do título de “doutor em medicina”, exigência que seria abolida em 1911.
A partir de 1884, na gestão do Visconde de Sabóia (1880-1889), o ensino médico passou por ampla reforma. Seu principal aspecto foi a introdução de novas disciplinas e seu ensino prático, rompendo-se com o predomínio do ensino retórico. As novas tendências da medicina européia, a ênfase na experimentação, a valorização do laboratório e o impacto das teorias de Louis Pasteur começaram a se fazer presentes na Faculdade de Medicina do Rio de Janeiro. Não obstante a cadeira de Bacteriologia tenha sido criada somente em 1901, a abertura para a pesquisa científica em laboratórios redundou em estímulo ao estudo das doenças peculiares ao Brasil e das questões sanitárias consideradas estratégicas para o desenvolvimento nacional.
A reforma realizada por Sabóia introduziu também uma série de medidas liberalizantes, tais como a freqüência livre às aulas, a realização de cursos não oficiais nos recintos da faculdade e a permissão para a matrícula de mulheres. Com a proclamação da República em 1889, vários aspectos da reforma foram revistos ou suprimidos, provocando crises que se prolongaram pelas primeiras décadas do século XX. Depois de funcionar em vários endereços, a Faculdade de Medicina do Rio de Janeiro instalou-se, em 1918, num prédio construído na Praia Vermelha especialmente para sediá-la e no qual permaneceria até 1973, quando foi transferida para o campus universitário da Ilha do Fundão.
Com a criação, em 1920, da Universidade do Rio de Janeiro, a Faculdade de Medicina passou a integrá-la, juntamente com a Faculdade de Direito e a Escola Politécnica. Em 1937, a reforma promovida por Getúlio Vargas transformou a Universidade do Rio de Janeiro em Universidade do Brasil, e a Faculdade de Medicina do Rio de Janeiro em Faculdade Nacional de Medicina. Quando, em 1965, a Universidade do Brasil foi transformada na Universidade Federal do Rio de Janeiro, a Faculdade de Medicina deixou de ter em sua denominação o termo “nacional”.
