Antes mesmo de se iniciar a reforma do ensino médico nas escolas de medicina do Rio de Janeiro e Salvador, na década de 1880, já eram divulgadas no Brasil as idéias pasteurianas. A própria Academia Imperial de Medicina, que tinha jurisdição sobre as questões doutrinais e normativas aplicáveis à arte de curar e à higiene, passou por uma recomposição profunda de seu perfil. Em 1882, deixou de celebrar a sessão magna, aquela em que as autoridades, muitas vezes o Imperador, vinham escutar, através de variadas fórmulas retóricas, a celebração do pacto entre o Estado, detentor do poder, e a corporação que lhe fornecia as luzes da ciência. No ano seguinte, interrompeu-se a rotina das reeleições para os cargos dirigentes. Renunciou o dr. José Pereira Rego, o venerando barão do Lavradio. Admitido em 1840, exercera a presidência por 19 anos, assegurando a ligação umbilical da Academia com a Junta Central de Higiene Pública, que chefiou, também, de 1863 a 1881.
Seu afastamento da presidência de ambas as instituições demarca o ocaso de uma geração que cultuava o ecletismo e resistia às inovações que agitavam o cenário científico internacional, ascendendo uma nova geração comprometida com a idéia de que a experimentação era a base do progresso da medicina. Outros indícios reforçam tal suposição. De um lado, faleceu Luiz Vicente De-Simoni (1882), último representante da geração que fundara a Sociedade de Medicina do Rio de Janeiro (30 de junho de 1829). De outro, ingressaram quase simultaneamente João Batista de Lacerda, Domingos Freire, José Maria Teixeira e outros médicos que se destacavam no estudo dos micróbios ou nas novas especialidades clínicas e cirúrgicas que eram introduzidas no Brasil.
Durante a reforma, as escolas de medicina do Rio e de Salvador, que reuniam cerca de mil alunos, dois terços dos quais na capital do país, foram providas de novos auditórios, salas de preparação e laboratórios para o ensino prático de disciplinas já existentes ou recém-introduzidas. Representaram considerável progresso em relação à realidade anterior e colocaram o Brasil em relativa sintonia com as inovações em curso na medicina e em outras ciências ligadas ao estudo da vida.
