Os métodos de coloração começaram a ser usados em histologia antes de migrarem para o estudo das bactérias. Tinham em mira fixar substâncias corantes eletivamente em determinados elementos do tecido ou organismo, de modo a facilitar a observação de sua forma e estrutura. Goeppert e Cohn (1849) foram os primeiros a trabalhar com preparações de fucsina, mais tarde aperfeiçoadas por Hartig (1854) e Gerlach (1858). O fisiologista boêmio Jan Evangelista Purkinje introduziu o uso do bálsamo-do-canadá, do ácido acético glacial e do bicromato de potássio, e foi, também, o primeiro a fazer cortes em tecidos para estudá-los ao microscópio. O extrato de pau-campeche ou pau-da-índia foi utilizado por Waldeyer (1863); Böhmer (1865) aperfeiçoou a técnica ao adicionar alume à substância. As tinturas de anilina ou coltar (alcatrão de hulha) entraram em circulação a partir de 1856, disseminando-se em seguida nas práticas cotidianas ou industriais de tingimento de tecidos e roupas. O primeiro a recorrer à coloração de bactérias foi Wilhelm Hoffmann, professor de botânica em Giessen; pouco depois, Weigert (1871) demonstrou que o carmim pigmentava cocos e, em 1875 descobriu que a alquila dava resultados surpreendentes também no tingimento de tecidos e bactérias. Em 1877, C. J. Salomonsen conseguiu corá-las em solução aquosa de fucsina.
Koch (1877) aperfeiçoou os métodos de coloração, diferenciando-os conforme o pH ácido, básico ou neutro da substância empregada. Para imobilizar as bactérias, desenvolveu um engenhoso processo de secagem que não interferia em sua forma primitiva. Seu método de fixação de bactérias requeria o uso do álcool para interromper as atividades metabólicas dos organismos, embebendo-se os cortes microscópicos, e as preparações em vários tipos de corantes, especialmente a violeta de genciana. As amostras eram colocadas numa solução aquosa de acetato de potássio ou bálsamo-do-canadá. Esses procedimentos o ajudaram a descobrir, em 1882, o bacilo que leva seu nome, agente da tuberculose.
Nos anos seguintes, outros métodos de coloração disseminaram-se pelos laboratórios e pela prolífera literatura especializada. Ehrlich aperfeiçoou a pigmentação dos bacilos da tuberculose, em 1882; Loeffler empregou álcali e azul-de-metileno; F. F. Ziehl passou a usar ácido carbólico (fenol) em lugar de anilina; Neelsen substituiu o ácido nítrico pelo sulfúrico. E Christian Gram desenvolveu, em Berlim, o método hoje universalmente conhecido, e que consiste no uso da fucsina amoniacal e na divisão das bactérias em gram-positivas e gram-negativas conforme fixem ou não o corante.
