Desde o tempo dos vice-reis, e mais ainda na primeira metade do século XIX, o Rio de Janeiro foi uma cidade insalubre. Ao que tudo indica, a primeira grande epidemia de febre amarela fustigou a cidade, com enorme virulência, no período compreendido entre dezembro de 1849 e setembro de 1850. Numa população de 166 mil habitantes, a doença causou, segundo as estimativas do médico Pereira Rego, 90.658 amarelentos e 4.160 mortos. No auge, que coincidiu com os meses “calmosos” de janeiro, fevereiro e março, fez mais de 80 vítimas por dia. Desde então, durante 59 anos a febre assolou a capital, assumindo, em certos momentos, dimensões de verdadeira hecatombe.
A epidemia de febre amarela teve conseqüências importantes para a instituição de um novo tipo de medicina que se vinha constituindo no Brasil desde a década de 1830. Medicina nova, tanto no que se refere às formas de conhecimento como ao modo de intervenção na sociedade, particularmente no contexto urbano. O aspecto mais notável dessa transformação é o fato de a medicina se tornar social e, portanto, basicamente preventiva. Em 1850, nomeou-se uma Junta de Higiene para acompanhar os trabalhos de controle da epidemia. No ano seguinte, ela foi dotada de um serviço de estatísticas, o primeiro, ao que parece, da América do Sul.
Em 1855 e 1856 o Rio de Janeiro foi assolado, pela primeira vez, pela epidemia de cólera-morbo, com 4.828 vítimas. Entre 1857 e 1860, a mortalidade manteve tendência ascendente, oscilando anualmente em função da violência da febre amarela. Em 1865, novo pico de mortalidade em virtude de uma epidemia de varíola e de outras doenças favorecidas pela aglomeração das tropas com destino ao Paraguai. Em 1867 e 1868, a cólera-morbo grassou novamente.
A tuberculose, as doenças intestinais e a malária crepitavam como flagelos crônicos na capital do Império. A febre amarela, em anos mais críticos, chegou a matar 3 a 4 mil pessoas numa população estimada em cerca de 270 mil habitantes em 1872. Após ausência relativamente prolongada durante a década de 1860, reapareceu no Rio de Janeiro em 1868 e se manteve até a campanha de erradicação comandada por Oswaldo Cruz no início do século XX. Os dois surtos mais graves, em 1873 e 1876, causaram a morte, respectivamente, de 3.659 e 3.476 pessoas.
Foram os higienistas os primeiros a formular um discurso articulado sobre as condições de vida na cidade, propondo intervenções mais ou menos drásticas para restaurar o equilíbrio urbano. O primeiro plano urbanístico para o Rio de Janeiro foi elaborado entre as mencionadas epidemias de 1873 e 1876, que suscitaram acalorados debates sobre a urgência de sanear a capital e remover a grande massa popular do centro para a periferia, o que, afinal, acabaria acontecendo com a reforma promovida no início do século XX pelo prefeito Pereira Passos e outras autoridades ligadas ao governo de Francisco de Paula Rodrigues Alves.
