Os surtos de cólera de 1893-1895 puseram em contato os poucos bacteriologistas do Rio de Janeiro e de São Paulo e revelaram aspectos surpreendentes da saúde pública no período. Primeiro, a superioridade de São Paulo em relação ao governo federal; depois, no âmbito deste, a desproporção entre o peso que as elites dirigentes deram aos diagnósticos firmados pelos bacteriologistas e as condições em que foram realizados. De pequenos laboratórios mantidos em residências particulares de um punhado de médicos versados na ciência de ver, descrever e diferenciar microrganismos, saíram pareceres que repercutiram dentro e fora do país, fundamentaram ações onerosíssimas, atropelaram interesses poderosos e estilhaçaram o cotidiano de multidões.
O cólera irrompeu em 1893 na Hospedaria dos Imigrantes de São Paulo e em algumas localidades da capital e do interior, e ressurgiu em todo o vale do Paraíba, a coluna vertebral da economia brasileira, em 1894-1895. Adolpho Lutz retomou, então, o estudo da disenteria amebiana e de outras doenças intestinais (inclusive o cólera), cujos diagnósticos se confundiam. Os resultados dessas investigações interdependentes foram apresentados em seus relatórios como diretor do Instituto Bacteriológico, parte dos quais saiu em versões condensadas em periódicos nacionais, especialmente a Revista Médica de São Paulo.
Os adversários de Lutz contestaram ferozmente seus laudos sobre o cólera, afirmando que grassavam apenas diarréias causadas por fatores telúricos e alimentares locais. As pesquisas realizadas no Instituto Bacteriológico de São Paulo foram verificadas, no Rio de Janeiro, por Francisco Fajardo, Eduardo Chapot Prévost, Oswaldo Cruz e Benedito Ottoni. As experiências produzidas nos laboratórios particulares desses médicos, confirmando a presença do bacilo colérico nos doentes do vale do Paraíba, municiaram o rigoroso programa de desinfecções, isolamento e quarentenas implementado em cidades, portos e estações ferroviárias do Rio de Janeiro, de Paulo e Minas Gerais.
Na Europa, o principal adversário de Robert Koch – o descobridor do bacilo colérico, também chamado de bacilo vírgula ou Vibrio comma –, e a mais influente autoridade invocada pelos médicos brasileiros que contestavam o ponto de vista de Adolpho Lutz era Max von Pettenkofer (1818-1901), um dos mais respeitados nomes da saúde pública alemã, cuja teoria sobre o cólera e a febre tifóide servia a nossos higienistas para explicar, por analogia, a transmissão da febre amarela. Lutz também recorreu a autoridades estrangeiras para robustecer sua posição. Em 1893, enviou vibriões a Unna, mas as culturas chegaram lá mortas. Em fevereiro de 1895, fez nova remessa a William Phillip Dunbar, diretor do Instituto de Higiene de Hamburgo, que confirmou seus laudos.
A epidemia do vale do Paraíba permaneceu controvertida mesmo depois de exaurir-se. Em 1898, Alfredo Nascimento, presidente da Academia Nacional de Medicina, ainda se esforçava por provar, em O mimetismo do cólera, que a doença não grassara no Brasil. Como iriam demonstrar as controvérsias subseqüentes a propósito da febre tifóide, os diagnósticos dos bacteriologistas enfrentavam forte resistência no seio da classe médica.
