Adolpho e Amy Lutz desembarcaram na capital brasileira em janeiro de 1893. Logo que chegaram, foram informados do falecimento de Mathilde Oberteuffer Lutz, mãe de Adolpho, em 11 de janeiro daquele ano. Gustav, o pai, falecera em 22 de julho de 1891, quando ele ainda se achava no Havaí.
O casal permaneceu algumas semanas no Rio de Janeiro e decidiu
fixar residência em São Paulo. Na capital paulista
nasceriam os dois filhos de Adolpho e Amy, Bertha Maria Júlia
(2.8.1894), que viria a ser naturalista do Museu Nacional, e Gualter
Adolpho (3.5.1903), futuro professor catedrático de medicina
legal da Faculdade Nacional de Medicina (Universidade do Brasil).
Em 18 de março de 1893, Adolpho Lutz foi nomeado subdiretor do Instituto Bacteriológico, uma das repartições do Serviço Sanitário do Estado de São Paulo, criada em julho do ano anterior. A direção do Instituto fora entregue a Felix Alexandre le Dantec, médico que obtivera considerável projeção nas hostes pasteurianas em larga medida graças a seus estudos sobre febre amarela. Sua passagem pelo Bacteriológico foi, no entanto, pouco produtiva, tendo ele retornado à Europa em abril de 1893, apenas quatro meses após a nomeação.
A pequena equipe liderada por Adolpho Lutz, formada, a princípio, por três ajudantes e dois serventes, teria de dar cabo de pesadas incumbências: preparação de vacinas; exame de substâncias destinadas a fins higiênicos e terapêuticos; investigações em microscopia e bacteriologia relacionadas não apenas às epidemias e epizootias que irrompessem no estado como às solicitações de clínicos em dúvida sobre o diagnóstico dos padecimentos de seus pacientes.
Efetivado no cargo de diretor do Instituto Bacteriológico somente em 18 de setembro de 1895, Adolpho Lutz exerceu-o por 15 anos, até transferir-se para o Instituto Oswaldo Cruz, no Rio de Janeiro, em novembro de 1908. A instituição paulista funcionou em salas e prédios adaptados, em caráter provisório, até outubro de 1896, quando foi transferida para prédio construído ao lado do Hospital do Isolamento. Com isso, Lutz pôde resolver a maior dificuldade que ele e seu pessoal enfrentavam: a falta de um hospital onde pudessem realizar autópsias, firmar diagnósticos, apurar estatísticas e testar as medidas mais adequadas para profilaxia e tratamento de doenças infecciosas.
Junto com seus auxiliares, Adolpho Lutz realizou investigações de grande relevância sobre as doenças infecciosas que grassavam endêmica ou epidemicamente no estado, e enfrentou duras controvérsias com a parcela majoritária do campo médico e com outros atores sociais. O Bacteriológico participou da instauração, no país, de laboratórios para a fabricação de soro e vacina contra a peste bubônica: inaugurou um na fazenda Butantan, atual Instituto Butantan, ao mesmo tempo em que se criava no Rio de Janeiro um laboratório soroterápico congênere na fazenda de Manguinhos. Paralelamente, Lutz dava continuidade a investigações em campos da zoologia médica que já o atraíam, por vezes a partir de demandas externas, como a que resultou em seus estudos sobre o mal de cadeiras.
