Fundada em 1348 por Carlos IV, rei da Boêmia e imperador do Sacro Império Romano-Germânico, a Czech Universita Karlova, também conhecida como Universidade de Praga, foi a primeira instituição do gênero na Europa central. De acordo com as concepções medievais, foi composta por quatro faculdades – teologia, direito, medicina e artes.
A íntima relação entre a Universidade de Praga e os destinos do Estado e povo tchecos estende-se da sua criação aos séculos seguintes. A derrota dos estados boêmios em 1620 e a Guerra dos Trinta Anos (1618-1648) foram funestos para a instituição. Em 1622, um decreto de Ferdinando II, imperador do Sacro Império, concedeu aos jesuítas o controle do sistema educacional da Boêmia, Morávia e Silésia. Fundou-se na ocasião a Universidade Carlos-Ferdinando, uma espécie de sucedânea da Czech Universita Karlova, e no século XVIII algumas mudanças estreitaram ainda mais os laços dessa Universidade com os poderes seculares. Entre as décadas de 1770 e 1790 uma série de reformas afastou os jesuítas, permitiu o ingresso de estudantes não-católicos (inclusive judeus), a entrada de professores protestantes e a incorporação da língua alemã como substituta do latim no ensino – somente teologia pastoral e obstetrícia eram ensinados em tcheco.
Estudantes da Universidade aderiram às revoltas de 1848 em defesa de mudanças liberais e democráticas (liberdade de ensino, eleição de reitores e decanos, por exemplo), alcançadas por um curto período. Contudo, na fase absolutista subseqüente (representada pelo imperador da Áustria Francisco José I) o movimento estudantil foi duramente reprimido e as reformas liberais desmanteladas. Diante da crescente pressão exercida pelo tchecos, o governo de Viena dividiu a universidade em duas, uma germânica e outra tcheca, em 1882.
Graças à atuação de membros tchecos da universidade de Praga, criou-se em 1918 a Tchecoslováquia, que por sua vez reforçou em grande medida a importância acadêmica e cultural daquela instituição. Mas, assolado por divergências internas e garantido por frágeis apoios externos, o Estado tchecoslovaco não teve força suficiente para resistir aos alemães. A ocupação nazista em 1939 representou um duro golpe para a universidade, que foi fechada em novembro do mesmo ano e teve muitos de seus professores e alunos perseguidos, presos e assassinados em campos de concentração. A parte germânica da instituição esteve em igual situação até essa época, quando foi proclamada Universidade do Reich (abolida em 1945).
Com o fim da Segunda Guerra Mundial e a libertação da Tchecoslováquia pelos russos, a Universidade de Praga começou a desenvolver-se rapidamente. A vida universitária foi breve, porém, pois outro golpe foi dado em fevereiro de 1948: o secretário-geral do Partido Comunista tcheco, Klement Gottwald, assumiu a presidência da República. A ascensão de um socialismo deturpado – o país tornou-se república socialista em 1960 – representou expurgos, o fim das liberdades acadêmicas e a repressão às divergências. Em 1968, reformas destinadas a tornar mais liberal o regime comunista, propostas por professores, estudantes e pelo então secretário do Partido Comunista, Alexander Dubcek, foram duramente rechaçadas por uma intervenção militar soviética que pôs fim ao período denominado Primavera de Praga. Uma nova e dolorosa onda de expurgos abateu-se sobre a universidade. Somente após 1989, quando o escritor Václav Havel elegeu-se o primeiro presidente não-comunista desde 1948, houve mudanças reais na situação que havia perdurado por quarenta anos. Em janeiro de 1990, um decreto buscou instituir uma comunidade acadêmica livre, marco inicial nos esforços sistemáticos para transformar o perfil educacional e acadêmico herdado pela instituição.
Nos dias atuais, a Universidade de Praga abrange as faculdades de matemática e física, ciências naturais, medicina geral, pediatria, humanidades, direito, jornalismo e educação. Compreende, ainda, o Instituto Astronômico e o Instituto de Educação para Professores.
